近日,英国报告了一种新型变异的新冠病毒正在伦敦和英格兰东南部地区迅速蔓延。英国首相鲍尔斯表示,病毒的新变种比其他现有病毒株的感染性要高出 70%。
12 月 20 日,英国伦敦及周边地区实行最高级别封锁。与此同时,德国、法国等多国政府也宣布,为防止英国变异新冠病毒扩散,紧急限制英国旅客入境。
英国卫生部门的首席科学顾问 Patrick Vallance 指出,自 9 月以来,这种新毒株在英国快速蔓延。
目前,伦敦有超过 60% 的新发新冠病例与新毒株有关。截至 12 月 13 日,英国已确认有 1108 例新毒株导致的病例。
传染性增强
英国出现的新突变毒株被命名为 VUI-202012/01(Variant Under Investigation, year 2020, month 12, variant 01)。最早于今年 9 月 20 日出现在英国东南部肯特郡。
12 月 19 日,英国爱丁堡大学教授 Andrew Rambaut 等在 virological.org 上传了对这一新突变株序列的分析,并在系统发育树中将其划分为一个新的支系:B.1.1.7。
截至 12 月 15 日,B.1.1.7 谱系共上传了 1623 个基因组序列,其中 519 个在大伦敦区,555 个在肯特,545 个在英国其他地区(包括苏格兰和威尔士),还有 4 个在其他国家。
图源:virological.org
作为一种 RNA 病毒,新冠病毒发生突变其实并不少见。而此次新毒株的 17 个特殊突变中,最重要的是刺突蛋白(Spike Protein,S 蛋白)中 RBD 区域的 N501Y 突变。
刺突蛋白是新冠病毒表面与人体细胞表面 ACE2 受体结合的部位,目前已出现了约 4000 种突变。
绝大多数发生在刺突蛋白的突变并不会影响病毒的传染力,可以用于病毒溯源。但也有少部分可能增强或减弱病毒的感染性,如此前出现在欧洲的 D614G 变体。
今年 9 月,Cell 发表一篇论文,研究了新冠病毒突变与 ACE2 结合力的关系,其中提到,刺突蛋白 RBD 区域的 Q493、Q498 和 N501 突变可以降低 RBD 关键残基的极性,从而提高新冠病毒与人体细胞表面 ACE2 受体的亲和力。
图源:参考资料 1
从理论上讲,N501Y 突变可能导致病毒更具感染力,使得新毒株更容易人传人。
英国卫生部专家组分析认为,变异将导致新毒株的传染力提高 71%(95% 置信区间:67%~75%),R 值(未明确是 R0 或 Rt)绝对增长 0.39~0.93,也就是一个感染者较之前会多传染给大约 0.4~0.9 个周围的人。
图源:参考资料 2
对于即将迎来圣诞节的英国,新毒株导致的 R 值增高会让医疗系统承受更大的压力。目前新毒株死亡率与其他毒株基本持平,还需进一步调查。
疫苗还有效吗?
在 N501Y 突变之外,新毒株的另一个重要突变是 S 抗原氨基酸 N 端结构域(NTD)中的 H69 和 V70 缺失突变(69-70del)。
69-70del 突变可能有利于病毒逃逸逃逸宿主的免疫反应,或一些单克隆抗体的中和作用。值得注意的是,目前绝大多数新冠疫苗都采用了 S 蛋白作为免疫原。
美国 Fred Hutch 研究所的 Trevor Bedford 认为,此次出现的突变可能是一种与流感病毒类似的抗原漂移(Antigenic drift)。
抗原漂移是病毒学中一个经典现象,它指的是病毒在自然流行中,基因组发生个别突变导致病毒抗原的小幅度变异。
这种小幅度变异不同于病毒重组,不会对病毒流行产生大范围影响。但如果抗原漂移不断积累,且积累的速度不断加快,那么在今后的很长时间里,人们需要像接种季节性流感疫苗一样,每隔一段时间重新接种新冠疫苗来预防新毒株。
但是,由于新毒株的其他突变位点尚未得到确切描述,它对疫苗接种的影响等流行病学意义还暂不清楚。
英国卫生大臣马修·汉考克(Matt Hancock)表示,目前没有任何迹象表明,新的病毒变体会导致更严重的疾病,或者疫苗不再起作用。
全球流行中的病毒变异
截至 2020 年 12 月 14 日,威尔士在 4733 份测序样本中发现 20 人感染新毒株。此外,丹麦报告 9 例感染,荷兰报告 1 例感染,澳大利亚通过 GISAID EpiCov 数据库确认 1 例感染。
据 BBC 报道,目前全球已有超过 40 个国家和地区禁止英国各地载客航班降落。我国香港食物及卫生局除禁止航班落地以外,还要求过去 14 天曾在英国逗留超 2 小时的人士,将禁止登上飞抵香港的航班。
新变异病毒会对我国疫情防控造成影响吗?
中疾控副主任冯子健表示,目前从我国所获得的病毒序列来看,没有发现变异病毒输入。「我们还会继续高度关注,密切监视病毒的活动情况。不管是输入人员、货物还是冷链产品。」
钟南山院士在今天接受采访时表示,目前,仍没有证据表明英国出现的病毒变异会对疫苗的时效性造成影响。
张文宏认为,变异毒株最早出现在 9 月,远早于疫苗接种,「发生对疫苗无效的变异可能性不大」。
「没有自然选择就没有病毒进化。同样,没有疫苗的压力,也基本不能自然筛选出对疫苗无效的病毒变异株。」张文宏表示,迄今在试验中被证明有效的疫苗,只有在上市后才会因为疫苗压力,筛选出对疫苗无效的突变。
「一旦发现对疫苗无效的变异,那时候可以很容易地对疫苗进行调整,,就像我们在流感疫苗上做的那样。」(策划:z_popeye、gyouza)
参考资料:
[1]Starr TN, Greaney AJ, Bloom JD, et al. Deep Mutational Scanning of SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Reveals Constraints on Folding and ACE2 Binding. Cell. 2020 Sep 3;182(5):1295-1310.e20.
[2]https://khub.net/documents/135939561/338928724/SARS-CoV-2+variant+under+investigation%2C+meeting+minutes.pdf/962e866b-161f-2fd5-1030-32b6ab467896?t=1608470511452
[3] Rapid increase of a SARS-CoV-2 variant with multiple spike protein mutations observed in the United Kingdom. ECDC. 20 December 2020
[4] 《令英国「大惊失色」的新冠病毒变异,是怎么回事?》知识分子