简并引物

概括：这道题是璩诟毓同学的课后语文练习题，主要是关于简并引物，指导老师为倪老师。简并引物是指代表编码单个氨基酸所有不同碱基序列可能性引物的混合物。PCR为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同生物的碱基使用偏好，减少简并性。简并度越低，产物特异性越强，设计引物时应尽量选择简并性小的氨基酸，并避免引物3'末端简并。

题目：简并引物

解：

就是简并碱基的乘积 比如aaggtt（a/c/g）tt（t/a）ggt（g/c）括号里面的是简并碱基 乘积是3*2*2=12简并度就是12呗 呵呵 ok?

举一反三

例1： 什么是简并度[物理练习题]

思路提示：

我只知道物理上的.

具有相同能量的粒子可以处在不同的量子态（即不同的波函数）,即每一个能级上可能有若干个不同的量子状态存在,反映在光谱上就是代某一能级的谱线常常是由好几条非常接近的精细谱线所组成.

量子力学中把能级可能有的微观状态称为该能级的简并度,用符号g表示.简并度亦被称为退化度或统计权重.

例2： 简并引物特异引物还有16s的引物有什么不同用它们PCR出来的产物看条带能看出来吗[生物练习题]

思路提示：

1、简并引物 ：序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,比如TGGC(x)AAT,则设计引物时（X）位置可分别用ATCG四条引物

特异引物 ：这个不用说吧,就是序列清楚后自己根据上下要设计的普通引物

16s的引物：常被用于鉴定,一般引物可在文献、网站上找到.16S rRNA所对应的 16S rDNA基因在细菌基因组中具有高度保守性；对于同一种细菌其16S rDNA基因组的同源性应大于70 %.对16S rDNA而言,如果出现3个碱基以上的差异就可以断定细菌不属于同一种属；

2、PCR出来的产物看条带比较的是大小,16S rDNA挺多用的是150bp左右的,但简并引物和特异引物则看具体情况了,如果设计的引物区间差异大,是可以分开的

例3： 上游引物和下游引物的温度差4度可以么?

思路提示：

温度不要差得太大,最后接近,这样大的温度可能会影响其与模板的结合,影响扩增效率!

例4： 抉择：简并引物设计的最佳设计软件简并引物设计软件有很多种,本地的primerprimer5,在线的CODEHOP,GeneFisher,PrimoDegenerate3.4,FastPCR,甚至NAR上发表的GreeneSCPrimer（GreeneSCPrimer：arapidcomprehensivet

思路提示：

一直用primer,还有实验室老板自己写的一个软件,感觉诧异都不大,因为基本的要满足的要素都是一样的,最后也都能拿到蛋白,CODEHOP没用过,感觉万变不离其宗.

例5： 【什么是二度简并】[物理练习题]

思路提示：

同一轨道n的电子有不同的角动量l,它们是简并的

同一角动量l的电子有不同的自旋角动量m,它们是简并的

同一n,l,m的电子有不同的两个偏振,它们也是简并的

相关思考练习题：

题1：简并引物

点拨：不是，简并引物指任意两种（如W代表A/T）、三种(如D代表A/G/T)、四种（如N代表A/T/C/G）等。 密码子简并性代表编码单个氨基酸不同三个碱基（尤其第三位）。

题2：文献引物中有NWY等，可以直接送引物公司合成吗？

点拨：你说的NWY是简并代码，W表示A或者T，如下列表： R=A,G Y=C, T K=G, T S=G, C M=A, C W=A, T B=G, C, T V=A, G ,C D=A, G, T H=A, C, T N=A, G, C, T 如果你需要合成简并引物的话，那把序列写好，直接送公司就可以了。但是简并度不要太高哦。

题3：低简并度高引物数目好还是简并引物好

点拨：用简并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同。 简并度越低...使用较高的引物浓度(1μM到3μM),因为许多简并混合物中的引物不是特...

题4：如何对含有简并碱基的序列设计引物

点拨：根据密码子的兼并性,常用一个符号代替某两个或者更多碱基。例如，编译丙氨酸的可以有4个密码子：GCU\GCC\GCA\GCG,这时生物学上为了方便，用字母N指代UCAG四个碱基，故说编译丙氨酸的密码子是GCN，其中N就是简并碱基。 通常生物学上根据蛋白质序...

题5：特异性引物和简并引物有区别么？区别在哪里？引物...

点拨：特异性引物指针对某一序列设计的引物，往往是固定的。 简并引物多用于随机扩增，在引物的某个位置上，可以是A\T\C\G中的任意值，随着简并系数的增加，随机性也增加。 至于引物还有那些类型，我也坐等其他大神回答吧。